Il 16 aprile il corpo di Steve Rogers viene portato a New York. Prima del suo risveglio viene allestita in fretta e furia una stanza che simula gli anni '40, per cercare di limitare lo choc culturale. Quando il giorno dopo il Capitano si risveglia si rende subito conto di qualcosa che non va, e cerca di fuggire. Spaesato e disorientato, viene bloccato da Fury che gli comunica che è stato in ibernazione per quasi 70 anni e che molte cose sono cambiate nel frattempo.

Nei giorni successivi Fury convoca tutti gli agenti dello S.H.I.E.L.D. all'Elivelivolo. Scopo della riunione è presentare i soggetti potenzialmente idonei in caso venga riattivata l'Iniziativa Vendicatori ossia Capitan America, Hulk, Iron Man e Thor. La voce di Fury commenta dei video che mostrano le immagini degli eventi che hanno coinvolto ciascuno dei quattro fino a quel momento.

Il 30 aprile Loki stipula un patto con Thanos per recuperare il Tesseract dallo S.H.I.E.L.D. in cambio di un esercito Chitauri per conquistare la Terra. Frigga riesce a rintracciare Loki in una visione e a parlare con il figliastro. Informa quindi Odino che Loki è vivo e sta preparando qualcosa che coinvolge il Tesseract.

Il primo maggio il sito del progetto P.E.G.A.S.U.S. viene distrutto. Loki attiva il Tesseract aiutato da una entità nota come “L'altro”. Il Tesseract lo teletrasporta nel deserto del Mojave Desert, dove lo S.H.I.E.L.D. ha il quartier generale del Progetto P.E.G.A.S.U.S.. Ruba il Tesseract e, usando un dispositivo simile a uno scettro, prende il controllo di alcuni agenti dello S.H.I.E.L.D. Inclusi Barton e Selvig. Eludendo la sorveglianza di Maria Hill il gruppo fugge. La base viene distrutta dal collasso del passaggio interdimensionale da cui era transitato Loki. Fury decide di riprendere l'Iniziativa Vendicatori.

Natasha Romanoff è in missione, apparentemente prigioniera in realtà sta estorcendo informazioni al delinquente russo Georgi Luchkov, che invece è convinto di essere lui a interrogarla. Phil Coulson chiama il cellulare di uno degli scagnozzi di Luchkov e chiede di parlare con Natasha minacciando di distruggere l'intero isolato in caso di diniego. Coulson informa Natasha che è necessario che ritorni alla base, ma al rifiuto della ragazza, che vuole terminare la missione, Coulson le comunica che Clint Barton è stato “compromesso”. 

Chris Evans in una scena tagliata di The Avengers
Chris Evans in una scena tagliata di The Avengers

Su Asgard Heimdall percepisce il passaggio di Loki dal Tesseract.

A Manhattan, NY, Steve Rogers è nel suo nuovo appartamento ed esamina alcuni file dello S.H.I.E.L.D. datigli da Nick Fury. Scopre che Peggy Carter è ancora viva e trova il suo numero di telefono. Decide però di non chiamarla. Si reca in palestra per allenarsi. Lì viene raggiunto da Fury che gli comunica il furto del Tesseract a opera di Loki. Lo convoca al quartier generale dello S.H.I.E.L.D., l'Elivelivolo, per la mattina successiva. Nel frattempo Tony Stark sta collegando il suo reattore arc all'appena inaugurata Stark Tower, il grattacielo che sorge dove prima c'era la sede della Pan Am. Viene contattato da Coulson che gli invia il materiale sul Tesseract e le ricerche di Selvig nonché i file sui potenziali candidati per l'Iniziativa Vendicatori.

Il 2 maggio Fury invia la Vedova Nera a Kolkata, in India, dove si trova Bruce Banner. Lo convince che la sua conoscenza delle radiazioni Gamma sia indispensabile per localizzare Loki e il Tesseract.

Jane Foster, che sta continuando i suoi studi in New Mexico con la sua assistente Darcy Lewis riceve una proposta di consulenza a Tromso, in Norvegia. La Foster esita ad accettare ma Darcy le ricorda che è passato quasi un anno dalla sparizione di Thor e che lo stipendio le farebbe comodo. In realtà la telefonata è organizzata dall'Agente Coulson.

L'elivelivolo dello S.H.I.E.L.D.
L'elivelivolo dello S.H.I.E.L.D.

Odino comunica al figlio Thor di doverlo inviare su Midgard. La sua missione è recuperare il Tesseract per riparare il Bifrost e fermare e riportare su Asgard il fratellastro Loki. 

Lo stesso giorno Tony Stark accende il suo reattore Arc miniaturizzato per alimentare la Torre Stark di recente apertura nel cuore di Manhattan, costruita sul luogo dell'ex Pan Am Building. Phil Coulson chiede a Stark di supervisionare la ricerca di Erik Selvig sul Tesseract, nonché del materiale riservato riguardante i potenziali membri dell'Iniziativa Vendicatori.

Il 3 maggio per aggirare l'ostacolo della chiusura del Bifrost e inviare Thor sulla Terrra Odino attinge alla sua Energia Oscura. Avvisa il figlio che il viaggio potrebbe avere conseguenze nefaste per entrambi. Thor precipita sulla Terra fisicamente provato ma con Mjølnir accanto.

Lo stesso giorno Tony Stark, Natasha Romanoff, Bruce Banner, Steve Rogers e Phil Coulson s'incontrano all'Elivelivolo. Banner si mette al lavoro per localizzare il Tesseract. In base ai rapporti vengono tutti informati che Loki è stato visto in Germania. Steve Rogers e Natasha Romanoff vengono inviati per affrontarlo. A dar loro manforte arriverà pure Tony Stark. Dopo averlo catturato il gruppo, sulla via del ritorno, sarà intercettato da Thor che vuole prelevare Loki per portarlo su Asgard. Dopo uno scontro viene chiarito che Loki è indispensabile per trovare il Tesseract e convincono Thor a unirsi alla ricerca.

Vanaheim subisce un attacco dai Marauder. I Vanir in queste aree vorrebbero vendicarsi, ma vengono ancora sconfitti.