21° Secolo

Arriva il Capodanno del 2000, e lo sconvolto Aldrich Killian è ancora in attesa di Tony Stark sul tetto di un edificio a Berna, in Svizzera, perché Stark ha promesso di incontrarlo lì. Nel frattempo, Tony ha lasciato la festa per andare a letto con Maya Hansen. Vedere le celebrazioni del nuovo anno dal tetto ispira Killian nel continuare il suo lavoro senza Stark. Quella mattina, Maya Hansen si sveglia per scoprire che se l'è filata con discrezione.

Il 3 gennaio 2000  Aldrich Killian assume Maya Hansen all'A.I.M. per lavorare insieme al perfezionamento del virus Extremis.

The Incredible Hulk: The Fury Files
The Incredible Hulk: The Fury Files
Il 14 settembre 2001, dopo l'attacco dell'11 settembre, Il Generale Thaddeus Ross convince l'esercito a riprendere il progetto del Super Soldato dal vecchio Progetto Rinascita della Seconda Guerra Mondiale. 

Il 28 luglio del 2002 lo S.H.I.E.L.D. via l'Agente Phil Coulson in missione in Perù dove, il giorno dopo, incontra Camilla Reyes, con la quale instaurerà una relazione sentimentale.

Nel 2004 John Garrett ritorna da Grant Ward cinque anni dopo averlo lasciato nel deserto del Wyoming. Comunica al giovane che è stato accettato nel S.H.I.E.L.D. e che opererà come agente dormiente per conto dell'HYDRA. Leo Fitz e Jemma Simmons si laureano all'Accademia delle Scienze e della Tecnologia dello S.H.I.E.L.D..

Il 25 febbraio 2005  Bruce Banner si unisce al progetto di ricerche Biotecnologiche della Culver University su insistenza della fidanzata Betty Ross. Il padre di Betty, il Generale Thaddeus Ross mente agli scienziati sul progetto, sostenendo che il loro lavoro contribuirà a proteggere i soldati dall'uranio impoverito.

Il 16 aprile 2005, sotto la minaccia di tagli ai finanziamenti, Bruce Banner prova su se stesso il processo, basato sull'assorbimento di raggi gamma, combinato con il siero sviluppato da Betty Ross, e si trasforma in un potente umanoide verde, denominato Hulk. I raggi gamma vengono imprigionati dall'amigdala del cervello di Banner, ossia dalla parte del cervello che gestisce le emozioni ed in particolar modo la paura. I raggi gamma vengono rilasciati durante i momenti di stress elevato innescando la mutazione. Betty Ross viene ferita e ricoverata in ospedale. Banner fugge. Il 19 luglio Bruce visita Betty in ospedale e lì il Generale Ross ammette il progetto prevede lo sviluppo di un'arma offensiva, e non di difesa. Banner fugge.

Il 24 Bruce Banner cerca di attraversare il confine con il Canada nascosto in camion. Colto di sorpresa dai militari è costretto a trasformarsi in Hulk. Dopo l'incidente, viene trovato un orologio con la scritta incisa sul retro "A Bruce, con tutto il mio amore, Betty".

I militari chiudono l'edificio del laboratorio per un anno e chiudono il progetto, anche se il Generale Ross trattiene per sé del materiale. Anche Betty Ross nasconde segretamente dei dati sul progetto. La figlia rompe i rapporti con il padre, accusandolo di aver trattato Bruce in modo disumano.

ll 7 febbraio 2006 Banner cerca di mettersi in contatto con Betty ma la sua mail, intercettata dai militari, non giunge mai a destinazione. Comincia a peregrinare tra gli Stati Uniti, in direzione Nord: il 19 aprile febbraio è avvistato in Dakota; il 27 maggio un satellite lo fotografa in Canada mentre il giorno dopo verrà avvistato dalla popolazione locale trasformato in Hulk e scambiato per un “Sasquatch verde”.

Il 14 luglio Akela Amador e altri due agenti dello S.H.I.E.L.D. conducono un raid a uno dei gulag di Vanchat. Gli agenti vengono uccisi e la Amador viene catturata. Trascorrerà i successivi quattro anni imprigionata, nonostante il tentativo di ritrovarla da parte di Phil Coulson, che il 17 luglio guiderà un secondo raid a Vanchat. Il suo gruppo troverà parecchi cadaveri ma non Akela.

Il 21 ottobre i militari perdono Bruce Banner, che alla fine è arrivato a Est di Nunavut, vicino la Groenlandia, nel Circolo Polare Artico, per suicidarsi in un luogo dove il suo corpo non sarebbe stato trovato. Banner tenta di spararsi in bocca. Il tentativo non riesce e si trasforma in Hulk, che sputa fuori il proiettile. Banner si risveglierà più tardi. L'incidente viene rilevato dal satellite. È l'ultimo avvistamento di Bruce Banner per almeno cinque mesi.

Il primo marzo 2007 Banner viene visto a Roma, in Italia.

Il 3 marzo del 2007 lo S.H.I.E.L.D viene incaricato di aiutare Ross. Le Industrie Stark vendono loro un cannone sonico montato su una Jeep. Lo S.H.I.E.L.D appoggerà Ross fino al 2011.

Il 17 ottobre Nick Fury, sotto mentite spoglie, rintraccia Bruce Banner in un bar e cerca di scoprire quale sia stato il suo contributo al progetto del Super Soldato di Thaddeus Ross. Fury incarica gli agenti Johnson e Peterson di ottenere la sua fiducia e vedere come reagisce agli stimoli, per cui gli agenti si fingono fidanzati e l'agente donna flirta con Bruce. Quando nasce un alterco Fury non fa in tempo ad aiutare Bruce che viene colpito da Peterson. La forte emozione lo trasforma in Hulk. Nonostante Fury cerchi di calmarlo, Hulk spacca la parete del bar e fugge.

Il 19 ottobre Fury convoca una riunione degli agenti dello S.H.I.E.L.D e comunica loro che Hulk non è un problema prioritario.

Il 31 ottobre Aldrich Killian s'inietta Extremis, che gli cura il suo handicap e gli permette di camminare senza bastone.

Nel 2008 Eva Belyakov della comunità inumana di Afterlife, scappa quando Jiaying rifiuta di permettere all'instabile figlia di Belyakov, Katya, di passare attraverso le nebbie terrigene. Si porta con sé un assortimento di cristalli terrigeni rubati, che usa per trasformare Katya senza il corretta condizionamento mentale. Katya sviluppa poteri manipolatori sensoriali e una fame di dolore. Le due donne si recano in Bahrain, dove creano il caos usando i poteri di Katya per fiaccare le energie emotive dei civili locali.

L'agente Melinda May in azione in The Magical Place, episodio 11 di Agents of S.H.I.E.L.D.
L'agente Melinda May in azione in The Magical Place, episodio 11 di Agents of S.H.I.E.L.D.

Lo S.H.I.E.L.D. viene informato delle attività delle donne e segue le tracce fino a Manama. Un team guidato da Phil Coulson e Melinda May viene inviato ad analizzare e classificare le Belyakov; non sono a conoscenza del coinvolgimento e dei poteri di Katya. Eva e Katya assumono il controllo di un gruppo di gangster e bloccano l'intero gruppo di agenti dello S.H.I.E.L.D., tranne Coulson e May, in ostaggio all'interno di un magazzino. May si avventura nel magazzino e affronta da sola i gangster controllati ed Eva. Katya si rivela a May e con i suoi poteri quasi uccide l'intera squadra di agenti, costringendo May a spararle a morte. Per il suo ruolo nel salvataggio, gli agenti la soprannominano "La Cavalleria", un nomignolo che May comincerà a disprezzare.

Nel frattempo Jiaying e Gordon si erano recati a Manama con l'intenzione di risolvere loro stessi la questione con Eva e Katya, ma scoprono che lo S.H.I.E.L.D. le ha già uccise.

May torna negli Stati Uniti, traumatizzato dai fatti di Manama. Si chiude in se stessa tagliando fuori tutti, compreso suo marito Andrew Garner. Il loro matrimonio nel corso del tempo si frantumerà. Con l'approvazione da Maria Hill, May passa dal servizio sul campo a un semplice lavoro d'ufficio.

Il 14 febbraio Aldrich Killian trova i candidati per il suo programma Extremis: Ellen Brandt, Chad Davis, Eric Savin e Jack Taggart, ex militari dell'esercito che hanno subito gravi lesioni.

Il 25 marzo Lance Hunter partecipa a un'operazione a Bassora, in Iraq.

L'8 agosto Grant Ward prende servizio nella guerra dell'Ossezia del Sud, prendendo diversi contatti sul territorio.

Nel 2009 a Natasha Romanoff è affidato il compito di scortare uno scienziato nucleare dall'Iran. Il Soldato d'Inverno li attacca a Odessa, Ucraina, sparando un proiettile che attraversa l'addome della Romanoff e colpisce lo scienziato con precisione, uccidendolo.

Nick Fury mette Phil Coulson a capo del Progetto T.A.H.I.T.I., un esperimento nel quale da un cadavere conservato del Kree che è stato recuperato nel 1945, vengono raccolti dei fluidi corporei per scopi medicinali. L'obiettivo del progetto è quello di creare un farmaco che potrebbe salvare un uomo ferito a morte.

Il 12 giugno Chad Davis esplode in seguito a un difetto della formula di Extremis a Rose Hill, Tennessee, uccidendo altre cinque persone.

Il 16 marzo 2010 una squadra dell'HYDRA salva Akela Amador dalla sua cella in fondo a una miniera di rame. Le impiantano chirurgicamente un occhio bionico a raggi X dotato di una microcarica e di una ricetrasmittente che utilizzano per controllarla e farla svolgere missioni come loro operativa.

Il 6 maggio Tony Stark compie una dimostrazione delle sue tecnologie A.W.E. (Accelerated Wave Explosion) al poligono militare di Yuma alla quale è presente il suo amico Tenente Colonnello James 'Rhodey' Rhodes . Quella sera diserta la premiazione come “uomo dell'anno” e viene raggiunto da Rhodey con il quale litiga. A causa dell'arrogante comportamento di Stark si scatena una rissa.

Il 18 maggio Pepper Potts si occupa di cacciare via Christine Everhart da Casa Stark, dove la giornalista ha passato la notte con Tony. Potts informa Tony Stark che quel giorno è il proprio compleanno

Iron Man
Iron Man
Lo stesso giorno Stark vola a Kabul, in Afghanistan, per una dimostrazione del sistema missilistico Jericho. 

Il convoglio militare che scorta Tony Stak viene attaccato dal gruppo terroristico Dieci Anelli, comandato da Raza, che segretamente lavora per Obadiah Stane. Stark rimane ferito proprio da un missile da lui fabbricato. Il suo torace è pieno di schegge tenute lontane dal cuore solo da un dispositivo magnetico ideato dal Dr. Ho Yinsen, un fisico tenuto prigioniero insieme a lui, che lavora per i suoi carcerieri sotto la minaccia dell'uccisione della sua famiglia, risiedente a Gulmira. I Dieci Anelli vogliono che Stark e Yansen, riciclando pezzi da tecnologie Stark, costruiscano un prototipo missile Jericho. In realtà i due realizzeranno un esoscheletro corazzato e armato, alimentato da una versione miniaturizzata del reattore Arc. La costruzione termina il 18 agosto e Tony usa l'armatura per fuggire, grazie anche al sacrificio di Yinsen che distrae gli accoliti dei Dieci Anelli per il tempo necessario all'avvio dell'armatura. Dopo essere fuggito Tony viene ritrovato nel deserto dell'Afghanistan dai militari statunitensi che prima di condurlo negli Stati Uniti lo portano in Germania per farlo visitare dai medici militari e per essere interrogato da CIA, NSA e altri.

Quando finalmente il 20 agosto Stark viene ricondotto negli Stati Uniti annuncia in una conferenza stampa che le industrie Stark non produrranno più armamenti. Immediatamente dopo le industrie Hammer presentano i loro progetti all'amministrazione militare. Nel frattempo Tony rivela a Obadiah del mini reattore Arc che ha costruito per tenere lontane le schegge dal cuore che si trova nel suo petto. L'agente dello S.H.I.E.L.D Phil Coulson chiede udienza a Stark contattando la sua assistente personale Pepper Potts. 

Il 12 settembre, mentre Tony Stark è impegnato a realizzare una versione più avanzata della prima armatura, Stane manovra per metterlo in minoranza presso il consiglio di amministrazione. Inoltre comincia la costruzione di una sua armatura, basata sui pezzi che i membri dei Dieci Anelli, suoi complici, hanno trovato in Afghanistan.

Ai primi del mese di ottobre lo studente di giurisprudenza Franklin Nelson incontra il suo compagno di stanza del college, Matt Murdock, per la prima volta.