Nella sua casa, Alexander Pierce riceva la visita del Soldato D'Inverno, e gli ordina di uccidere i fuggivi. All'incontro assiste accidentalmente, Renata, la domestica di Pierce, che viene da questi uccisa.

Scarlett Johansson in Captain-america: The Winter Soldier
Scarlett Johansson in Captain-america: The Winter Soldier

Il 3 aprile Steve Rogers e Natasha Romanoff cercano rifugio a casa di Sam Wilson. Questi accetta di aiutarli, e si mette a loro disposizione rivelando di essere il pilota della tuta EXO-7 Falcon, un esoscheletro volante che ha usato durante il servizio nell'esercito. I tre rapiscono Jasper Sitwell e lo interrogano sulla natura del progetto Insight. Spaventato Sitwell rivela che Arnim Zola ha sviluppato un algoritmo che, basandosi sulle informazioni disseminate su Internet e varie anagrafi, cerca qualsiasi individuo o gruppo che rappresenta una minaccia per l'HYDRA e lo classifca come potenziale bersaglio per le armi montate sugli Elivelivoli. All'improvviso arriva il Il Soldato Inverno che uccide Sitwell e si scontra con Rogers. Durante la lotta, Rogers gli toglie la maschera e lo riconosce come Bucky Barnes. Arriva una squadra dello S.H.I.E.L.D. che, in presenza di un elicottero televisivo, arresta Steve, Sam e Natasha anziché ucciderli.

Maria Hill, infitrata tra gli agenti della scorta, salva Rogers, Romanoff e Wilson, e li porta a Nick Fury, che gli spiega che ha finto la sua morte per mezzo di un siero anti-stress creato da Bruce Banner. La squadra organizza un piano per fermare il Progetto Insight, mediante l'inserimento nei computer degli Elivelivoli di tre speciali chip che reindirizzino i loro sistema di puntamento, costringendoli a distruggersi a vicenda.

Al fine di stabilire una linea di comunicazione con Jemma Simmons, che è stato trasferita all'Hub come consulente su Deathlok, Leo Fitz vuole creare una linea telefonica nascosta ma scopre quella usata da Melinda May per riferire a Fury.

Victoria Hand prende il controllo del Bus e gli impone di attraccare all'Hub, credendo che Phil Coulson e la sua squadra possano essere parte di un complotto all'interno dello S.H.I.E.L.D..

La Hand invia due droni dello S.H.I.E.L.D. per uccidere John Garrett, che lei sospetta essere complice di Coulson nello stesso complotto. Garrett riesce a eludere i suoi aggressori e si aggancia al Bus.

Il 4 aprile, con la tua tuta danneggiata, Rogers irrompe nel Museo Smithsonian e ruba il suo vecchio costume da Capitan America del 1940.

L'Helicarrier in Captain America: The Winter Soldier
L'Helicarrier in Captain America: The Winter Soldier

Comincia l'attacco al Triskelion. Alexander Pierce invita il Consiglio di Sicurezza Mondiale al Triskelion per una dimostrazione del Progetto Insight. Captain America s'infiltra nell'edificio e rivela la natura del progetto Insight e l'infiltrazione dell'HYDRA in tutti i livelli dello S.H.I.E.L.D.. Pierce prende in ostaggio il Consiglio, ma la Vedova Nera, travestita come la consigliera Hawley, li difende e tiene Pierce sotto tiro. Lei e Fury rendono quindi pubblici tutti i dati riguardanti S.H.I.E.L.D. e HYDRA, e Fury spara a Pierce che aveva ucciso i membri del consiglio per coprire la sua fuga. Capitan America e Sam Wilson, che ha assunto il nome in codice Falcon, riescono a installare due dei tre chip sugli Elivelivoli. Sull'ultimo Capitan America si trova di fronte il Soldato d'Inverno, e dopo una dura lotta, riesce ad installare il chip. Gli elivelivoli si inquadrano a vicenda e fanno fuoco, distruggendosi. Quello con sopra Rogers e Bucky si schianta sul Triskelion, riducendolo in macerie. Il Soldato d'Inverno, forse ricordandosi di essere Bucky Barnes, salva Captain America dall'annegamento nel fiume Potomac.

L'HYDRA invia un messaggio in codice a tutti i suoi agenti, ordinando loro di assumere il controllo diretto dello S.H.I.E.L.D. Skye decodifica il messaggio, che porta la la squadra a dedurre che Hand è la Chiaroveggente e sia affiliato all'HYDRA.

Esposta al pubblico, l'HYDRA inizia eliminazione di tutti i servizi S.H.I.E.L.D. infiltrati nel tentativo di mantenere il controllo. Il Cube e l'Accademia dello S.H.I.E.L.D. sono tra i primi nel mirino.

Coulson indaga sull'infiltrazione dell'HYDRA (Foto: Justin Lubin, ABC)
Coulson indaga sull'infiltrazione dell'HYDRA (Foto: Justin Lubin, ABC)

Anne Weaver viene contattata da Jemma Simmons e Antoine Triplett appena l'HYDRA invade l'Accademia dello S.H.I.E.L.D.. Li mette in guardia sull'infiltrazione dell'HYDRA prima di essere catturata.

Il Bus atterra all'Hub, dove Garrett rivela ben presto che lui è il Chiaroveggente e un agente dell'HYDRA. La squadra di Coulson viene salvata dall'intervento di Victoria Hand. Tutti gli agenti dell'HYDRA presenti nell'Hub vengono poi arrestati.

Donnie Gill, una vittima del metodo Faustus, viene ingaggiato dall'HYDRA come un esercito di un uomo per catturare la Sandbox.

Isabelle Hartley informa Victoria Hand che la battaglia all'Hub è finita.

Coulson e Hand guardano i filmati del Progetto Insight valutando le perdite dello S.H.I.E.L.D..

Victoria Hand e Grant Ward scortano John Garrett al Frigo per l'incarcerazione. Durante il volo, Hand viene ucciso da Ward, che esce allo scoperto come agente dell'HYDRA come Garrett.