Il 5 novembre Howard Stark esamina un campione della fonte di energia dell'HYDRA che lo aiuterà nelle sue ricerche di un nuovo elemento. 

Gli Howling Commandos guidati da Capitan America distruggeranno delle basi HYDRA in Francia, Belgio e Cecoslovacchia rispettivamente nel dicembre 1943 e nel gennaio e febbraio 1944.

Il 29 marzo 1944 Captain America insegue degli agenti dell'HYDRA a Londra. Questi scappano e tentano di nascondersi in un rifugio antiaereo. Il Capitano incoraggia i cittadini all'interno del rifugio ad attaccare gli agenti, con discorso sull'eroismo e la forza dei numeri.

Hugo Weaving e Toby Jones in Capitan America
Hugo Weaving e Toby Jones in Capitan America

Il 27 aprile Rogers, che ormai ha adottato uno scudo in vibranio fornitogli da Stark, attacca una base dell'HYDRA situata in una isola degli stretti danesi occupata. Il Capitano e i commandos si scontrano con un soldato armato di esoscheletro e un carro armato potenziato da un reattore Arc. Il Teschio tenta di sconfiggerli con un'antica pietra runica vichinga ma la pietra viene spezzata dallo scudo di Cap, pertanto il Teschio Rosso fugge.

L'11 maggio Capitan America e gli Howling Commandos s'infiltrano nel sottomarino dell'HYDRA Leviathan e lo catturano. Nella base del sottomarino uccideranno un mostro che è generato da materiale umano, ossia dalla somma dei corpi degli scienziati dell'HYDRA fusi insieme da un esperimento andato male.

Il 16 giugno 1944, qualche giorno dopo lo sbarco in Normandia, Capitan America espugna il Castello del Barone Zemo in Bavaria e distrugge il Dormiente, un potente robot d'origine antica e sconosciuta.

La fortuna volta le spalle al Capitano e i suoi amici nel gennaio 1945, quando durante un attacco a un treno dell'HYDRA, Bucky Barnes precipita in un crepaccio e viene dichiarato disperso. Durante l'azione viene catturato Armin Zola.

Negli stessi giorni Werner Reinhardt cattura un gruppo di abitanti di un villaggio cinese che hanno trovato un misterioso oggetto denominato Obelisco. Sulla base di storie e favole dagli abitanti del villaggio, Reinhardt viene a conoscere della visita del Kree sulla Terra millenni fa, ma interpreta la loro visita come un tentativo di conquistare il pianeta. Quando mostra l'Obelisco a Schmidt, gli dice che l'oggetto può essere la risposta alla morte stessa.

Il 19 febbraio le forze statunitensi cominciano l'invasione di Iwo Jima.

Chris Evans è Capitan America
Chris Evans è Capitan America

Il 4 marzo Rogers, con l'aiuto degli Howling Commandos e dell'esercito, attacca l'ultima base dell'HYDRA. Schmidt ha realizzato, mediante l'energia del Tesseract un potente aereo, chiamato Valkyrie, con il quale vuole distruggere le principali città degli Stati Uniti d'America. Nella lotta finale il Teschio Rosso impugna il Tesseract e viene disintegrato, forse teletrasportato su Asgard. L'aereo viene danneggiato ma Rogers riesce a evitare che faccia vittime effettuando un atterraggio di fortuna tra i ghiacci della Groenlandia. Il giorno dopo il Capitano viene dichiarato disperso.

Il 6 marzo In una fortezza dell'HYDRA in Austria, Werner Reinhardt verifica la potenza dell'Obelisco su alcuni degli abitanti del villaggio cinese, una delle quali è una giovane donna di nome Jiaying che porta il materiale genetico degli Inumani, dotata di un'immunità innaturale ai suoi potenti effetti. Reinhardt viene avvisato della scomparsa di Schmidt e dell'arrivo imminente degli Alleati. Decide di trasferire l'Obelisco in un luogo più sicuro.

Il 12 aprile muore Franklin D. Roosevelt. Harry S. Truman diventa Presidente degli Stati Uniti d'America.

Il 30 aprile nel suo bunker di Berlino, Adolf Hitler nomina il Grande Ammiraglio Karl Doenitz, il comandante in capo della Marina tedesca, come suo successore. Hitler si suicida per sfuggire alla cattura dopo la sconfitta della Germania nazista. La propaganda nazista tenta di presentare la sua morte come una morte eroica nella lotta contro il bolscevismo.

Il 7 maggio Werner Reinhardt tenta di evacuare il laboratorio di ricerca dell'HYDRA, in Austria, e fuggire con numerosi artefatti misteriosi raccolti nel corso degli anni. La sua base è attaccata dalle truppe dello SSR guidate da Peggy Carter, Dum Dum Dugan e Jim Morita. Reinhardt e i suoi uomini vengono arrestati e tutti i manufatti sono confiscati dallo SSR.

L'8 maggio le nazioni alleate celebrano la Giornata della Vittoria. Gli Howling Commandos si riuniscono per commemorare il sacrificio di Capitan America. Howard Stark scopre il Tesseract sul fondo del mare nella sua ricerca di Steve Rogers, ma non riesce a individuare il Valkyrie schiantato. Rogers rimarrà disperso per quasi 70 anni.