Chi è Rita? Che cos'è la DigiCorp? Chi è buono? Chi è cattivo? Di chi ci si può fidare? Sono queste le domande che accompagneranno lo spettatore per gran parte della pellicola, prima della delucidazione finale.

Morgan Sullivan è un uomo pervaso dal fallimento personale in cerca di riscatto e redenzione. L'occasione gli si presenta quando riesce a diventare la spia industriale della DigiCorp, potente multinazionale. Morgan, in quanto spia, dovrà assumere una nuova identità e mentire a tutte le persone che gli stanno attorno, tra le quali anche la moglie. Ma la DigiCorp nasconde segreti pericolosi, e Morgan si accorge ormai troppo tardi di trovarsi incastrato in mezzo a un intrigo internazionale che potrebbe costargli la vita. L'unica che potrebbe aiutarlo è una misteriosa donna, Rita, incontrata casualmente in un albergo.

Tra Matrix e fantascienza cyberpunk di serie B, Cypher ci mostra un mondo futuristico dove il protagonista non può fidarsi di nulla e di nessuno; la storia è piena di fili intrecciati e nodi inestricabili, che portano spesso lo spettatore in vie sbagliate o incomprensibili. Per una buona metà del film il vero problema è proprio capire e seguire la vicenda, troppe domande senza risposta assillano la mente dello spettatore; problemi che veengono risolti poco per volta solo nel corso del secondo tempo, in modo intelligente, senza mai cadere nella banalità e senza uscire dal cerchio da cui si era partiti. La regia di Vincenzo Natali è di una meticolosità quasi kubrickiana, lucida e curata nella suggestiva plasticità geometrica delle inquadrature di ogni singola scena, il tutto condito da una fotografia pulitissima. Al contrario della tendenza del cinema di fantascienza attuale, Natali non ci devasta di effetti speciali spacca-occhi e di effetti sonori spacca-orecchie, ma tesse filo dopo filo la ragnatela che sta alla base della storia, riuscendo con fluidità a non incagliarsi in un soggetto da cui era facile uscire. Cypher, l'incontro tra il cinema post-Matrix e Philip K. Dick con tanto di riferimenti hitchcockiani, è un'opera che non deluderà i fan del genere (e non solo).